Batenborg ligt aan het Winsumerdiep, maar ook aan de voormalige Hunze.

Voordat het Winsumerdiep werd gegraven lagen hier meanders van de rivier de Hunze, de levensader van dit gebied, de drooggevallen bedding is na 800 jaar nog goed zichtbaar in het landschap. Zie onderstaande satelliet- en drone-foto.